Scoperta da Méchain nel 1781, M99 è una delle spirali più brillanti dell'ammasso della Vergine. La galassia ha un aspetto tondeggiante, si presenta di piatto ed ha una forma stranamente asimmetrica. La sua caratteristica peculiare è quella di ruotare in senso orario, contrariamente alla maggior parte delle altre galassie.
Le braccia sono cosparse di ammassi stellari estremamente brillanti e di regioni nebulose. L'asimmetria di questa galassia potrebbe essere dovuta ad una collisione con qualche altro membro dell'ammasso avvenuta in tempi remotissimi: questa ipotesi potrebbe anche giustificare l'elevata velocità di recessione di M99, quasi 2500 km/sec. (la più alta tra tutte le galassie contenute nel catalogo di Messier).